只對女性有反應、世界最強的超級兵器“Infinite Stratos”，通稱IS。因為IS的問世，性別平等被破壞，世界變成女尊男卑的社會。主人公織斑一夏在高中的入學考試時誤入IS操縱者育成學校“IS學園”的考試會場，并意外地啟動了IS。成為全世界關注“世界上唯一能操縱IS的男性”的一夏，被政府強制就讀向來只有女性的IS學園。于是，織斑一夏從成為女校中的萬紅叢中一點綠，從他青梅竹馬的劍道少女筱之之帚開始，不同國籍不同性格的少女們圍繞著織斑一夏開始了一場波瀾壯闊戀愛戰斗劇場。突然侵襲的敵人，IS隱藏的秘密，以