第二季的故事緊接上一季。日本自衛隊仍在努力與國門之外的國家達成和平協議，而姚哈·杜西仍在試圖說服伊丹洋二保護她的族人免受火龍的侵襲。伊丹的部隊并未就此擺脫災難，很快又被卷入戰火之中。在「銀座事件」活躍的主角伊丹耀司，在事件後晉升為二等陸尉，率領偵察隊深入「特區」，結識了三位美少女魔法使、精靈、亞神。垂涎「特區」利益的世界各國開始干涉自衛隊在「門」的另一邊的行動……而且對於姚的討伐炎龍委託，伊丹該怎麼辦呢？