故事發生在夏亞引領吉翁公國軍贏得一年戰爭的平行宇宙。這一歷史轉折點導致地球聯邦與吉翁公國的勢力格局劇變。在空中宇宙殖民衛星生活的女高中生天手讓葉，與難民少女尼婭安相遇后被卷入非法MS決斗競技“軍團戰”，她駕駛著神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身其中，而被通緝的神秘MS“高達”駕駛員修司伊藤也出現在她們面前。自此，少女與少年的相遇，夢想就此交織，宇宙世紀開啟了新的未來......