在幻影忍者們齊心協力擊退飛天海盜之后，忍者世界恢復到往日的和平。忍者們認真地進行日常訓練，但大地忍者 - 寇，似乎有什么心事困擾著他。寇在過去的戰役當中，被邪惡的楊大師變成了幽靈，原本他還以為自己已漸漸習慣幽靈形態，但他卻驚覺自己有可能隨時會消失不見，仿佛不曾存在過一樣。就在這個時候，他又聽到了楊大師的呼喚，發現楊大師正在進行一個陰謀，企圖將過去曾被忍者們打倒的強大魔頭們全都召喚回忍者世界！面對多個過去的死敵同時襲來，幻影忍者們能招架得住嗎？而寇，是否能夠渡過這次的難關，繼續存在于這個世上呢？